1ος όμιλος 
Απόλλων Καλαμαριάς-Ορφέας Ξάνθης 4-1 
ΑΠΕ Λαγκαδά-Αλμωπός Αριδαίας 2-1 

2ος όμιλος 
Απόλλων Λάρισας-ΑΕ Καραϊσκάκης 2-3 (1-1 κ.α, 2-2 παρ) 
Πύδνα Κίτρους-Νίκη Βόλου 2-3 
3ος όμιλος 
ΑΟ Ζευγολατιού-Παναχαϊκή 0-1 
Αστέρας Αμαλιάδας-Αχαϊκή (11/1/2017) 

4ος όμιλος 
Άγιος Ιερόθεος-Κηφισιά 3-5 πεν. (1-1 κ.α. και παρ.) 
Ατσαλένιος-Ρόδος (11/1/2017) 

Η τελική φάση των 4 ομίλων (22/2/2017): 

1ος όμιλος 
Λαγκαδάς-Απόλλων Καλαμαρίας 
2ος όμιλος 
Καραϊσκάκης-Νίκη Βόλου 
3ος όμιλος 
Παναχαϊκή-Νικητής του Αστέρας Αμαλιάδας-Αχαϊκή 
4ος όμιλος 
Κηφισιά – Νικητής του Ατσελένιος-Ρόδος