Αυτές είναι : η Ξάνθη, ο Παναιτωλικός, ο Πλατανιάς, ο Λεβαδειακός,  ο Άρης, η Λαμία και τα Τρίκαλα. Το ίδιο ισχύει και για τον Κισσαμικό ενώ ο Πλατανιάς θα βρεί στο δρόμο του μια από τις ομάδες που προκρίθηκαν ως πρώτες εκτός του Ολυμπιακού.
Η κλήρωση πραγματοποιηθεί την προσεχή Τρίτη 20 Δεκεμβρίου(11.00) στα γραφεία της ΕΠΟ .
Στο πρώτο γκρουπ θα είναι οι ομάδες που κατετάγησαν πρώτες στον όμιλό τους και στον δεύτερο εκείνες που πέρασαν ως δεύτερες. Ομάδες που προκρίθηκαν από τον ίδιο όμιλο της 2ης φάσης δεν θα αγωνιστούν μεταξύ τους. Γηπεδούχοι στον πρώτο αγώνα θα είναι οι ομάδες του δεύτερου γκρουπ δυναμικότητας και οι επαναληπτικοί αγώνες θα διεξαχθούν στις έδρες των ομάδων του πρώτου γκρουπ δυναμικότητας. 
1ο Γκρουπ: ΠΑΟΚ, Ολυμπιακός, ΟΦΗ, ΠΑΣ Γιάννινα, Αστέρας Τρίπολης, ΑΕΚ,Ατρόμητος , Κισσαμικός
2ο Γκρουπ: Τρίκαλα, Πλατανιάς, ΠΑΟ , Ξάνθη, Άρης, Λαμία, Παναιτωλικός, Λεβαδειακός
Βάσει προγράμματος, οι πρώτοι αγώνες της 3ης φάσης θα διεξαχθούν στις 10-11-12/1/2017 και οι ρεβάνς στις 24-25-26/1/2017.