Η κλήρωση θα γίνει ξεχωριστά για κάθε όμιλο της Γ' Εθνικής, κάτι που σημαίνει ότι οι κρητικές ομάδες θα κληρωθούν με κάποια από τις ομάδες του 4ου Ομίλου στην διοργάνωση. Η έναρξη του Κυπέλλου Γ' Εθνικής έχει οριστεί για την Κυριακή 16 Οκτωβρίου, ημερομηνία όπου δεν θα γίνουν αγώνες πρωταθλήματος.
Την προσεχή Παρασκευή 30/9/2016 και ώρα 10:00 στα γραφεία της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας θα διενεργηθεί η κλήρωση για τους αγώνες της 1ης φάσης του Κυπέλλου Γ' Εθνικής Κατηγορίας περιόδου 2016-2017.
