Η ομάδα της Αλικαρνασσού συμμετείχε στον 9 όμιλο όπου απαρτίζονταν από τις τέσσερις Κυπελλούχες ομάδες των Νομών της Κρήτης, δηλαδή τον Ηρόδοτο από το Ηράκλειο, τον Άρη Βουκολιών από τα Χανιά, την Επισκοπή από το Ρέθυμνο, και την Κυπελλούχο ομάδα που θα προκύψει από τον τελικό της ΕΠΣ Λασιθίου ανάμεσα στον ΑΟΑΝ και τον Ο.Φ.Ιεράπετρας. 

Ο Ηρόδοτος θα αντιμετωπίσει σε νοκ άουτ παιχνίδι που θα γίνει στα Χανιά τον Άρη Βουκολιών, ενώ η Επισκοπή θα υποδεχθεί επίσης σε νοκ άουτ ματς τον Κυπελλούχο της ΕΠΣ Λασιθίου. 

Υπενθημίζεται ότι φέτος η συμμετοχή στις επόμενες φάσεις του Κυπέλλου Ερασιτεχνών είναι υποχρεωτική και η ομάδα που θα κατακτήσει τον τίτλο θα κερδίσει παράλληλα και μια θέση ανόδου στη Γ΄Εθνική. 

Αναλυτικά οι όμιλοι του Κυπέλλου Ερασιτεχνών έχουν ως εξής: 

1ος όμιλος
Αναγέννηση Θαλασσιάς
ΕΠΣ Καβάλας
Δόξα Δράμας
ΕΠΣ Θράκης
Οδυσσέας Αναγέννησης
ΕΠΣ Έβρου

1η αγωνιστική – 9/3 (15:30)
Αναγέννηση Θαλασιάς-ΕΠΣ Καβάλας
Δόξα Δράμας-ΕΠΣ Θράκης
Οδυσσέας Αναγέννησης-ΕΠΣ Έβρου
2η αγωνιστική – 16/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 2 – Νικητής αγώνα 3
3η αγωνιστική – 30/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 4 – Νικητής αγώνα 1

2ος όμιλος
Θύελλα Φιλώτα
Απόλλων Κρύας Βρύσης
ΠΑΟΚ Αλεξάνδρειας
Μακεδονικός
ΑΟ Σημάντρων
Εθνικός Αγιονερίου

1η αγωνιστική – 9/3 (15:30)
Θύελλα Φιλώτα-Απόλλων Κρύας Βρύσης
ΠΑΟΚ Αλεξάνδρειας-Μακεδονικός
ΑΟ Σημάντρων-Εθνικός Αγιονερίου
2η αγωνιστική – 16/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 2 – Νικητής αγώνα 3
3η αγωνιστική – 30/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 4 – Νικητής αγώνα 1

3ος όμιλος
Κρόνος Αργυράδων
Μέγας Αλέξανδρος Καλλιθέας
ΑΕ Ποντίων
Σούλι Παραμυθιάς
ΑΕ Καραγιάννιων-ΑΟ Ανατολής

1η αγωνιστική – 9/3 (15:30)
Κρόνος Αργυράδων-Μέγας Αλέξανδρος Καλλιθέας
ΑΕ Ποντίων-Σούλι Παραμυθιάς
ΑΕ Καραγιάννιων-ΑΟ Ανατολής
2η αγωνιστική – 16/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 2 – Νικητής αγώνα 3
3η αγωνιστική – 30/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 4 – Νικητής αγώνα 1

4ος όμιλος
Φαρκαδόνας
Πύδνα Κίτρους
Νίκη Βόλου
Απόλλων Λάρισας
Οπούντιος Μαρτίνου
Δόξα Μητρόπολης

1η αγωνιστική – 9/3 (15:30)
Φαρκαδόνα-Πύδνα Κίτρους
Νίκη Βόλου-Απόλλων Λάρισας
Οπούντιος Μαρτίνου-Δόξα Μητρόπολης
2η αγωνιστική – 16/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 2 – Νικητής αγώνα 3
3η αγωνιστική – 30/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 4 – Νικητής αγώνα 1

5ος όμιλος
Κρισσαίος
Εθνικός Φιλιππιάδας
ΑΟ Χάλκειας
ΑΟ Ποταμιάς

1η αγωνιστική – 9/3 (15:30)
Κρισσαίος Χρισσού-Εθνικός Φιλιππιάδας
ΑΟ Χάλκειας-ΑΟ Ποταμιάς
2η αγωνιστική – 16/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 2 – ΑΕ Καραϊσκάκης
3η αγωνιστική – 30/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 3 – Νικητής αγώνα 1

6ος όμιλος
ΑΟ Χαλκίς
Ένωση Πανασπροπυργιακού-Δόξα
ΕΠΣ Ανατολικής Αττικής
Παναρκαδικός
Σπάρτη
Παναργειακός

1η αγωνιστική – 9/3 (15:30)
ΑΟ Χάλκις-Ένωση Πανασπροπυργιακού-Δόξα
ΕΠΣ Ανατολικής Αττικής-Παναρκαδικός
Σπάρτη-Παναργειακός
2η αγωνιστική – 16/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 2 – Νικητής αγώνα 3
3η αγωνιστική – 30/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 4 – Νικητής αγώνα 1

7ος όμιλος
ΑΟ Ζευγολατιού
ΑΕ Κεφαληννίας
Κεραυνός Αγίου Βασιλείου
Δόξα Νέας Μανωλάδας
ΑΟ Πύλου
ΑΟ Κατασταρίου

1η αγωνιστική – 9/3 (15:30)
ΑΟ Ζευγολατιού-ΑΕ Κεφαλληνίας
Κεραυνός Αγίου Βασιλείου-Δόξα Νέας Μανωλάδας
ΑΟ Πύλου-ΑΟ Κατασταρίου
2η αγωνιστική – 16/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 2 – Νικητής αγώνα 3
3η αγωνιστική – 30/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 4 – Νικητής αγώνα 1

8ος όμιλος
Ιάλυσος
ΕΠΣ Κυκλάδων
ΑΠΟ Κερατσινίου
Ηρακλής Θυμιανών
Πυθαγόρας
ΕΠΣ Αθηνών

1η αγωνιστική – 9/3 (15:30)
Ιάλυσος-ΕΠΣ Κυκλάδων
ΑΠΟ Κερατσινίου-Ηρακλής Θυμιανών
Πυθαγόρας-ΕΠΣ Αθηνών
2η αγωνιστική – 16/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 1 – Αιολικός
Νικητής αγώνα 2 – Νικητής αγώνα 3
3η αγωνιστική – 30/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 5 – Νικητής αγώνα 4

9ος όμιλος
ΑΟ Επισκοπής
ΕΠΣ Λασιθίου
Άρης Βουκολιών-Ηρόδοτος

1η αγωνιστική – 16/3 (15:30)
ΑΟ Επισκοπής-ΕΠΣ Λασιθίου
Άρης Βουκολιών-Ηρόδοτος

2η αγωνιστική – 30/3 (15:30)
Νικητής αγώνα 1 – Νικητής αγώνα 2